يعد ديوان المظالم هيئة قضائية إدارية مهمتها الفصل في كافة المنازعات التي تكون جهة الإدارة طرفا فيها ، سواء كان سبب المنازعة قرارًا أم عقدًا أم واقعة ، بل أشمل من ذلك لتدخل دعاوي الطعن في القرارات التي تصدرها جمعيات النفع العام وما في حكمها المتصلة بنشاطاتها وقد فصل الديوان الاختصاصات كالتالي :

المحكمة الإدارية العليا 

تختص المحكمة الإدارية العليا وفقاً للمادة (١١) من نظام الديوان  بالنظر في الاعتراضات على الأحكام التي تصدرها محاكم الاستئناف الإدارية، إذا كان محل الاعتراض على الحكم يشمل ما يلي :

أ. المخالفة لأحكام الشريعة الإسلامية، أو الأنظمة التي لا تتعارض معها، أو الخطأ في تطبيقها أو تأويلها، يندرج تحت ذلك المخالفة لمبدأ قضائي تقرر في حكم صادر من المحكمة الإدارية العليا.
ب. الصدور عن محكمة غير مختصة.
ج. الصدور عن محكمة غير مكونة وفقاً للنظام المنصوص عليه.
د. الخطأ في تشخيص الواقعة، أو في وصفها .
هـ. الفصل في النزاعات المخالفة لحكم آخر سبق أن صدر بين طرفي الدعوى.
و. تنازع الاختصاص بين محاكم الديوان.

محاكم الاستئناف الإدارية 

تختص محاكم الاستئناف الإدارية وفقاً للمادة (١٢) من نظام الديوان بالنظر في الأحكام القابلة للاستئناف الصادرة من المحاكم الإدارية، وتحكم بعد سماع أقوال الخصوم وفق الإجراءات المقررة نظاماً.

المحاكم الإدارية 

تختص المحاكم الإدارية وفقاً للمادة (١٣) من نظام الديوان بالفصل في الآتي

أ. الدعاوى المتعلقة بالحقوق المقررة في نظم الخدمة المدنية والعسكرية والتقاعد لموظفي ومستخدمي الحكومة والأجهزة ذوات الشخصية المعنوية العامة المستقلة أو ورثتهم والمستحقين عنهم.

ب. دعاوى إلغاء القرارات الإدارية النهائية التي يقدمها ذوو الشأن، متى كان مرجع الطعن عدم الاختصاص، أو وجود عيب في الشكل، أو عيب في السبب، أو مخالفة النظم واللوائح، أو الخطأ في تطبيقها أو تأويلها، أو إساءة استعمال السلطة، بما في ذلك القرارات التأديبية، والقرارات التي تصدرها اللجان شبه القضائية، والمجالس التأديبية.

وكذلك القرارات التي تصدرها جمعيات النفع العام -وما في حكمها – المتصلة بنشاطاتها، ويعدّ في حكم القرار الإداري رفض جهة الإدارة أو امتناعها عن اتخاذ قرار كان من الواجب عليها اتخاذه طبقاً للأنظمة واللوائح.

ج. دعاوى التعويض التي يقدمها ذوو الشأن عن قرارات أو أعمال جهة الإدارة.

د. الدعاوى المتعلقة بالعقود التي تكون جهة الإدارة طرفاً فيها.

هـ. الدعاوى التأديبية التي ترفعها الجهة المختصة.

و. المنازعات الإدارية الأخرى .

المسائل التي يختص بها الديوان

–  الدعاوي المتعلقة بالحقوق المقررة في نظم الخدمة المدنية والتقاعد لموظفي ومستخدمي الحكومة والأجهزة ذات الشخصية المعنوية العامة المستقلة أو ورثتهم والمستحقين عنهم (يدخل في ذلك استحقاق الراتب ، العلاوة ، المكافأة ، البدلات ـ الراتب التقاعدي للموظف ، الراتب التقاعدي للورثة  وغيرها .

– الدعاوي المقدمة من ذوي الشأن بالطعن في القرارات الإدارية متى كان مرجع الطعن عدم الاختصاص أو مخالفة النظم واللوائح أو الخطأ في تطبيقها أو تأويلها أو إساءة استعمال السلطة

–  دعاوي التعويض الموجهة من ذوي الشأن إلى الحكومة والأشخاص ذوي الشخصية العامة المستقلة بسبب أعمالها

-الدعاوي المقدمة من ذوي الشأن في المنازعات المتعلقة بالعقود التي تكون الحكومة أو أحد الأشخاص المعنوية العامة طرفاً فيها

-الاختصاص التأديبي بالنسبة للموظفين ، فقد فصل نظام بين سلطة التحقيق ممثلة في هيئة التحقيق وسلطة التأديب ، ممثلة في ديوان المظالم حتى لا يكون المحقق هو القاضي وذلك في ضمان الحياد

–  الدعاوي الجزائية ضد المتهمين بارتكاب جرائم التزوير ومكافحة الرشوة

– طلبات تنفيذ الأحكام الأجنبية ، التي تصدر من محاكم تابعة لدولة أخرى ، ذلك أن سيادة الدولة تمنع تنفيذ حكم صادر من محكمة خارج حدودها الإقليمية ، ولكن توجد معاهدات تجيز ذلك

ملحقات اختصاص الديوان

ما ألحق بالديوان من اختصاصات في القضاء الجزائي والتجاري فهو بصفة مؤقتة ، وآلية التنفيذ للقرارات الجديدة حسب النظام الجديد تقضي بسلخ الدوائر الجزائية والدوائر التجارية التابعة لديوان المظالم بقضاتها ومعاونيهم ووظائفهم إلى المحاكم الجزئية والتجارية ( التابعة للقضاء العام ) وكذلك دوائر التدقيق الجزائي والتجاري بقضاتها ومعاونيهم ووظائفهم إلى محاكم الاستئناف ، ويعقب ذلك تهيئة مقار المحاكم ( التجارية والجزائية والاستئناف ) وتعديل نظام المرافعات الشرعية ونظام الإجراءات الجزائية ، ومرور فترة انتقالية يحددها المجلس الأعلى للقضاء لتباشر بعدها المحاكم التجارية والجزائية ومحاكم الاستئناف اختصاصها ، ومن ثم يأتي سلخ الدوائر التجارية والجزائية والتدقيق من الديوان.

اما اختصاص ديوان المظالم في القضاء التجاري فليس اختصاصًا عامًا بل هو محدد بما أنيط به من ولاية ، ويختص بنظر المنازعات المشمولة بنظام الشركات ، ويشمل الشركات الواردة في كتب الفقه والإسلامي .

اختصاصات ديوان المظالم في القضاء الجزائي تشمل جرائم التزوير ، وجرائم الرشوة ، ، وكذلك الدعاوى الجزائية الموجهة ضد المتهمين بارتكاب الجرائم والمخالفات المنصوص عليها في الأنظمة ، كنظام الأسلحة والذخائر وانتحال صفة رجل السلطة العامة ، وأخيرا نظام البريد .