كان الهدف الرئيس من إنشاء هذا المتحف ووجوده في الحرم الجامعي للجامعة هو تعريف الباحثين والمنتسبين للجامعة وعلماء الجامعة بماهية الأساس التاريخي العريق الذي تم بناء الجامعة على أساسة ولكي يتم تصوير خطوات الرواد الأوائل من علماء المسلمين حيث يبرز المتحف انجازات العلماء المسلمين في العصور الذهبية من القرن الثاني الهجري حتى القرن الحادي عشر الهجري حيث ظهر علماء ومخترعون في ذلك الوقت من أمثال جابر بن حيان في الكيمياء والحسن بن الهيثم في البصريات وابو بكر الرازي في الطب والكندي وابن سينا وعباس بن فرناس والجرزي وتقي الدين وغيرهم من العلماء المسلمين الذين أثروا الحياة العلمية في عصورهم حيث ساهمت انجازات وابتكارات هؤلاء العلماء في تشكيل العالم الحالي الذي نحى فيه لولا فضلهم ووضع الأساس العلمي الذي قامت عليه كل العلوم الحديثة اليوم التي نستفيد منها في العالم الحالي .