بسبب عدم وجود ابحاث كافية في ادارة النظام الغذائي لحالات الارتجاع المعدي  المريئي عند الاطفال تقوم معظم التوصيات الخاصة بالنظام الغذائي للاطفال على رأي الخبراء او التوصيات المستمدة من المباديء التوجيهية لارتجاع المريء عند الكبار . و بشكل عام يتم تشجيع الاطفال على اتباع نظام صحي يشمل مجموعة متنوعة من الاطعمة مع العلم ان بعض الاطعمة – مثل الكافيين و الشوكولاته و النعناع و الاطعمة الدسمة و التوابل – قد يحتاج الطفل الى الابتعاد عنها اذا كانت تتفاقم الاعراض بسببها .

الالبان و الاطعمة الغنية بالكالسيوم :
يتم هضم الاطعمة الدهنية ببطء اكثر و في الاطفال الذين يعانون من الارتجاع المعدي المريئي – حيث تكون محتويات المعدة الحمضية يحدث لها ارتجاع في المريء او البلعوم – حيث تكون محتويات المعدة الممتلئة اكثر عرضة للارتجاع المريئي . كما تعمل الدهون على ارتخاء العضلات العاصرة المريئية و تحتاج هذه العضلات للبقاء ضيقة للحفاظ على محتويات المعدة من تسرب المريء . على الرغم من ان الاطعمة الغنية بالدهون لا يجب ان تقتصر على الطفل الذي يعاني من الارتجاع المعدي المريئي الا ان الالبان منخفضة الدهون مثل الحليب خالي الدسم او قليل الدسم او اللبن الخفيف و الجبن و الجبن الموتزريلا او غيرها من الجبن قليلة الدسم من الاطعمة التي يمكن تناولها .

اما عن البدائل ذات الاصل النباتي و المدعمة بالكالسيوم مثل اللوز و فول الصويا و ارز الحليب و جبن الصويا تعتبر خيارات مناسبة لؤلئك الاطفال الذين يعانون من الارتجاع المعدي المريئي .

البروتين :
بعض الاطعمة البروتينية تحتوي على نسب عالية من الدهون و يمكن ايضا ان تسبب تفاقم لأعراض الارتجاع المعدي المريئي عند الاطفال . و من الافضل الاعتماد على مصادر البروتينات الضعيفة او قليلة الدسم في هذه الحالة . و تشمل هذه الاطعمة الفول و السمك و التونة و الفراخ بدون الجلد او الديك الرومي و لحم البقر الخالي من الدهون و البيض و فول الصويا . كما تعد المكسرات و البذور و زبدة الفول السوداني هي ايضا من خيارات البروتين الصحية و على الرغم من ذلك فعند استهلاك كميات اكبر من هذه الاطعمة فإنها تضيف نسب عالية من الدهون الى الوجبة التي نتناولها حتى و ان كانت وجبة خفيفة . و مع ذلك من المهم ان تعرف ان الاطعمة الغنية بالدهون يمكنك عدم تجنبها في حالة اذا لم تكن تسبب لك اي من اعراض الارتجاع المعدي المريئي . و اوضحت ارشادات الدراسات السريرية المبينة في اكتوبر عام 2009 من مجلة طب اطفال الجهاز الهضمي والتغذية انها لا تدعم القضاء على النظام الغذائي او روتين منع اي نوع من الطعام لتحسين حالات الارتجاع المعدي المريئي . و بدلا من ذلك انها تدعم النظام الغذائي الفردي المعتمد على استجابة الطفل للطعام

الفواكه و الخضروات :
على الرغم من السماح للاطفال الذين يعانون من الارتجاع المعدي المريئي بتناول اي نوع من الفواكه و الخضروات بعض الاطعمة الاحمضية بما في ذلك الحمضيات كالليمون و البرتقال او الاطعمة الغنية بالتوابل مثل صلصة الطماطم قد تؤدي الى تفاقم الاعراض لدى بعض الاطفال عن طريق تهيج المريء لديهم . و الاطفال المعروف انهم يعانون من اعراض اسوأ نتيجة لتناولهم الاطعمة الحمضية و تشمل الخيارات الاقل حمضية على الكوسه و الخيار و القرنبيط و الخس و السبانخ و الكرفس و البطاطا و الجزر و الافوكادو و البطيخ و الموز و الكمثرى . و مع ذلك بدلا من التركيز الوحيد على خيارات الاطعمة الاقل حمضية ينبغي تشجيع الاطفال على تناول مجموعات متنوعة من الخضروات و الفواكه المفضلة لديهم يوميا و من المهم تجنب الاطعمة فقط التي تسبب او تفاقم اعراض هذا الارتجاع المريئي .

الحبوب :
الحبوب و الخبز و الارز و المكرونة و البسكويت و الفطائر من المواد الغذائية الاساسية في النظام الغذائي لمعظم الاطفال . و بشكل عام يتم التسامح مع هذه الاطعمة جيدا و لا تؤدي الى تفاقم اعراض الارتجاع الحمضي ما لم تكن جزءا من وجبات كبيرة جدا او عالية الدهون . الحبوب الكاملة مثل الخبز المصنوع من القمح الكامل او الارز البني و الشوفان و الفشار و البسكويت تعد مصادر جيدة من الالياف و تناول المزيد من الالياف لا يعزز فقط حركات الامعاء العادية و لكنها توفر ايضا الشعور بالشبع و الامتلاء . مما يجعل الطفل اقل عرضة لتناول الوجبات الدسمة و تناول وجبات صغيرة مع وجبات صحية بدلا من وجبات كبيرة تساعد في تطور الاعراض .